1993年12月10日，上海申花足球俱乐部正式成立，成为中国第一家职业足球俱乐部，实行董事会领导下的总经理负责制，第一任主帅为徐根宝，球队把基地定在江湾体育场。

　　当时，申花队由老上海队的部分队员作为班底，又从上海二队和市少体校增补了不少年轻队员。成耀东、范志毅、刘军等老上海队员在入选申花队后，就立即成为了球队的主力队员，范志毅还戴上了队长标志，而吴承瑛、朱琪、谢晖等上海二队的年轻球员，也在被徐根宝提拔上一队后，渐渐显露出不俗的潜力，由此成长为球队不可或缺的力量。

　　一部分未被选入申花队以及个别因为担心体能测试不达标的老队员，如王钢、邱京巍、张卫华、唐全顺等人，也在1994年加盟了上海的另两支低级别球队上海大顺和上海浦东。原上海队主帅王后军在无缘申花后，成为上海浦东队的主帅。

　　吴承瑛、谢晖等初出茅庐的年轻队员在1994赛季经过锻炼后，逐渐挑起了大梁。正是在1995年，经过第一次更新换代的申花队夺取了甲A联赛的冠军，吴承瑛、申思、朱琪和谢晖也被球迷们亲切地称为“浦江四小龙”。而当年刚刚入选申花一队的祁宏，也在足协杯上的处子秀中一鸣惊人，于是，年仅19岁的祁宏也逐渐成长为球队主力，还与范志毅、谢晖并称“申花三剑客”。

　　股份改制 有线年底，再次错失联赛冠军的申花队又迎来了刚升入甲A联赛的同城对手上海中远队的竞争。为了让球队有更大的发展，申花俱乐部将原有的所有权转让给了上海广电集团和上海文广集团两家大型国有企业以及黄浦区国有资产总公司。

　　2007年初，在新赛季的中超联赛开始前不久，上海申花俱乐部与上海联城俱乐部共同召开新闻发布会，宣布上海联城俱乐部主席朱骏通过增资扩股的方式入主申花，成为申花投资人，申花队和联城队合并组成新申花队。球队名称仍为上海申花，但俱乐部注册名为上海申花联盛足球俱乐部。

　　两支球队合并后，出现了俱乐部人员过剩的情况。当时，申花队原本就有一批正值当打之年的优秀球员，这也使得申花青年队培养出的郜林、毛剑卿、沈龙元等不少国青队员都常常要坐冷板凳。联城队员的加入，使得球队内的人员竞争更加激烈。于是，申花队中不少有潜力的年轻队员也被球队安排入预备队，这也造成部分年轻队员随后选择了退役。

　　申花队和联城队合并后，虽然人员众多，但缺乏磨合，加上不少有实力的老申花队员遭到“下放预备队”以及坐冷板凳的打压，使得申花队在新赛季的中超和亚冠比赛中四处碰壁，连吃败仗。不过，申花队在6月份于济南进行的A3比赛中表现出彩，接连拿下了城南一和和浦和红宝石两支韩日劲旅，并最终捧起了冠军奖杯，使得处于低谷中的申花队逐渐缓过神来，并在之后的联赛中表现略有起色，但距离冠军始终有不少距离，为此，吉梅内斯被架空，原申花主帅吴金贵在联赛倒数第四轮时成为球队主教练，最终申花队位列联赛第4名。